En 1994 fue designado presidente ejecutivo de Codelco por el entonces mandatario Eduardo Frei Ruiz-Tagle. Posteriormente, en 1996, asumió como ministro Secretario General de la Presidencia, cargo que desempeñó durante la misma administración. A comienzos de la década de 2000, regresó a la estatal cuprífera bajo el gobierno de Ricardo Lagos, retomando funciones directivas.

A través de un comunicado, la empresa estatal expresó que “lamenta profundamente el fallecimiento de Juan Villarzú Rohde, destacado economista y servidor público que dejó una huella significativa en la historia de Chile”. En el mismo documento, la compañía destacó que durante sus dos períodos como presidente ejecutivo (1994–1996 y 2000–2006) “lideró procesos clave de modernización y fortalecimiento de la empresa”.

Asimismo, la empresa informó que su gestión se desarrolló “en un contexto de gran relevancia para la industria minera nacional”, subrayando que su visión estratégica contribuyó a consolidar a la corporación como un referente mundial en la producción de cobre.

Finalmente, Codelco extendió sus condolencias a la familia, amigos y cercanos del exejecutivo.